中医与西医，由于产生的文化背景不同，在许多方面都不一样。
第一，对人体的生理的理解就有很大差别。西医以尸体解剖为基础，研究人体分几个大的系统：循环系统、消化系统、生殖系统、神经系统、呼吸系统、内分泌系统等。中医则以活体功能即五脏六腑与体表的症状相联系的“脏象学”和全身形成一个系统的“经络学”为基础。以西医的模式来审察中医，认为所谓经络是无稽之谈，没有解剖学上的根据，谁也不能“拿”出经络来证明它的存在，用显微镜也看不到它的存在，于是就有人认为中医是“迷信”。后来由于针灸治病的大量的事实，以及用针灸麻醉动大手术的奇迹，使一些明智的西医医生承认针灸的有效性与经络的客观性。但是，还是很多西医医生将自己解释不了的现象判为“迷信”，将针灸说成是“伪科学”，有一位西医外科医生对于用拔火罐方法治关节痛，表明了自己的看法，他跟我说：“还隔好几层组织，怎么能拔出来？没有科学根据！”
第二，中西医对疾病的解释不同，有各自不同的病理学。西医认为疾病是由于细菌侵入、肌体受伤害引起的；中医认为疾病是由于环境变化、七情过激、阴阳失衡引起的。
第三，诊病方法不同。西医用看、触、叩、听四种办法进行诊断，科学发达以后，还可以通过化验、透视、心电图、B超、同位素等方法诊断许多疾病，技术不断提高，诊断更加精确。中医使用望、闻、问、切来诊断。望，与西医的看是一样的。看的内容不尽相同。西医主要看营养如何，有什么痛苦。中医望的，首先是气色，了解阴阳盛衰，虚实升降。中西医都看舌苔，但理解也不一样。中医舌诊认为舌头的不同位置，反映不同内脏的功能变化。闻，闻气味，阳气出上窍，从口鼻出来的气味浓，说明阳气盛，偏于亢。问，是了解情况，问病史、感觉，也问生活变化以及社会地位的变化、经济状况等，因为这些与情绪有密切关系。情绪变化是重要的病因。切，是中国医学的以功能为基础的诊断疾病的特点，用三个指头按在患者腕前的手脉上，根据脉搏的跳动情况来了解五脏六腑的功能状况。西医用听诊器听心脏的跳动与肺的声音，对心肺的毛病进行诊断。三指切脉与听诊器听诊，是中西医诊断的主要的有代表性的差别。