1645年，军队的领导权转入代表中等资产阶级和中等新贵族利益的独立派手中。独立派同封建专制制度有较深刻的矛盾，他们不同意长老派的妥协让步政策，要求对国王进行坚决的战争， “打垮了国王再进行谈判”是他们的信条。独立派的首领是奥列弗·克伦威尔（1599-1658年）。内战开始后，他对议会军腐败、缺乏战斗力的情况十分不满。他建立了一支勇敢善战、纪律严明的军队。克伦威尔依靠这支军队，先后取得了马斯顿荒原之役(1644年7月)和纳斯比大战（1645年6月）的决定性胜利，扭转了战局。查理一世见势不妙，化装成仆人，北上逃往苏恪兰，企图在那里养精蓄锐，卷土重来，然而苏格兰人把他拘捕起来，以40万英镑的高价卖给了议会。议会把他囚禁在荷思比城堡中。第一次内战结束。1647年底，查理一世逃跑，到威特岛被郡长扣留。1648年2月起，王党又乘机在许多地方发动武装叛乱，挑起第二次内战。大敌当前，军队内部的独立派和平等派又联合起来，共同镇压王党叛乱。1648年8月，克伦威尔击溃了王党军队。9月，占领了苏格兰首都爱丁堡，第二次内战以议会阵营的胜利而结束。
内战结束后，长期议会的领导权转入独立派手中。他们在人民群众的压力下成立了一个高等法庭，对查理一世进行审判。法庭最后把查理一世判处死刑。处死查理一世，英国宣布为共和国，这是英国资产阶级革命达到高潮的标志。