不过他也知道万事开头难，他决定从最紧要的现行案件着手，同时对新发生的案件重点进行侦破，因为以往的案件时过境迁，线索灭失，要想侦破难度很大。还不如把有限的精力放在新发生的案件上，同时那些鸣冤叫屈的被判了死刑的案件是卓然重点要复查的。因为这些案件一旦属于冤假错案的话，罪犯被处决，就算将来平反昭雪也于事无补了。
一件错案将会引发被蒙冤的罪犯及其家人对朝廷的不满和反抗，从而扩大对立面。而化解一件冤案带来的正面推动作用，恐怕有时候比侦破十件案件带来的震撼和社会效果都要强烈，所以卓然把突破口选定在重大冤案纠错上。
这些重大冤案，卓然树立了一个原则，先进行证据审查。如果囚犯一直鸣冤叫屈而又没有扎实的证据，甚至除了口供没有其他证据可证明，同时囚犯又受到了严刑拷问，并有合理理由怀疑案情存在冤屈的，卓然便无罪释放。
差不多一个月时间，他就释放了十多个被判死刑的罪犯，这些都是严重缺乏证据且罪犯遭到严刑拷打又一直喊冤的。
这些罪犯及家人都到衙门来磕头叩谢，逢人就夸川蜀来了青天大老爷，使得卓然的名气迅即在川蜀家喻户晓。
对被害人的亲属，卓然则亲自上门做解释说服工作，让他们理解自己的改判，告诉他们这些人是被屈打成招的。因为除了他们被拷问后的招供，没有任何证据证明他们实施了被指控的犯罪，确定这是冤假错案。大多数受害家属在堂堂提刑官亲自登门解说的情况下都接受了卓然的的决定，有的还感激涕零，因为从来没有哪个官老爷把老百姓的感受放在这么重要的地位上，这一点就已经让他们受宠若惊，感激不已。