6月13日，北伐军攻占赣州，直系军阀陈光远弃城而逃。随后，北伐军进据吉安，直逼南昌。
正当北伐军跃马挥戈、节节胜利之时，陈炯明发动了反革命叛乱。陈炯明部叶举、翁式亮、杨坤如等于5月18日率部进入广州，设总指挥部于白云山郑仙祠。要求孙中山恢复陈炯明各职，并罢免伍朝枢、胡汉民、蒋尊簋、廖仲恺、谢慧生、程天斗等人之职，革除许崇清军长职务，粤军全部归陈炯明管辖，否则即以武力解决。
孙中山始终动以至诚，采纳汪精卫的建议，任命陈炯明为陆军总长办理两广军务，所有两广军队，悉归其节制调遣。陈炯明仍以两面派的手法对付孙中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不听吾命令而反对中山者，吾唯有自杀以谢国人”，暗地里却加紧筹饷，并密令叶举诸部接收兵工厂，占领石井军火药库。在粤汉铁路沿线布防，在新街铁路站以南一带抢修碉堡和战壕。
叶举诸部盘踞广州，向财政部闹索饷风潮。孙中山令廖仲恺筹款清还军饷。他们领取军饷后，又故意向省银行强迫兑现，造成挤兑风潮，引起社会秩序的混乱。
乱云飞渡，形势日益险恶。廖仲恺为了稳定广州局势，电请孙中山返穗坐镇，震慑邪气。6月1日，孙中山回到广州，致电陈炯明速来共商大计，陈炯明拒不应命，加紧与吴佩孚勾结。